Le pietre sono come gli esseri umani, nascono da un seme, fecondato dal grembo della terra.
Le pietre preziose sono legate a vari oggetti metafisici. Per le loro proprietà hanno attirato su di sé l'attenzione della simbologia - il colore, la durezza, la trasparenza, l’essere imperiture (a differenza di altre creature della terra), e la struttura cristallina che contraddistingue la maggior parte di esse. Il motivo della lotta con il drago (o con qualche altro essere mostruoso), la guardia del tesoro prezioso, stanno a simboleggiare le difficoltà e le prove dure. Una visione simile si riflette anche nelle credenze popolari secondo cui, in un tempo remoto, le pietre furono cavate via dalle teste di serpenti e draghi.
La misteriosa pietra chiamata "carbonchio” (rubino), secondo Isidoro di Siviglia, viene estratta dalla testa di un drago, ma si indurisce, diventando un gioiello, solo quando si taglia la testa ad un animale vivente; il possesso del rubino porta felicità e ricchezza ed è questo il motivo per cui tutti lo desiderano.
Lo scrittore simbolista J. Huysmans ha dichiarato: "Senza dubbio, lo smeraldo color verde serpente è di una bellezza unica. Ma noi non conosciamo la simbologia di questo gioiello e rimarrà estraneo a noi, come noi a lui, è un intrigo…. Però è molto più significativo e interessante proprio così, come un estraneo.”
Le pietre simboleggiano la verità spirituale, la più alta conoscenza.
Varie pietre preziose sono spesso utilizzate come simboli nelle tradizioni orientali e occidentali. Ad esempio, in Cina, la giada rappresenta l'immagine dello Yang e l'incarnazione del cielo; un disco rotondo di giada simboleggiava il cielo. Lo smeraldo è stato associato alla purezza, alla primavera, ad Afrodite e anche al mistero. Il turchese simboleggia il rinnovamento, nella mitologia greca era la pietra di Persefone e di Hera, nella tradizione tibetana, il turchese era considerato un centro di forza della vita, per i tibetani è la prima cosa venuta al mondo. Lo zaffiro simboleggia la felicità, la virtù, il cielo, il rubino - la forza della vita, l’amore, la passione. L’ambra ha la capacità di concentrare l'energia del Sole e di utilizzarla per affascinare. L’ametista – che è l'incarnazione dell’umiltà, della serenità, del potere di guarigione - nella tradizione cattolica è la pietra dei vescovi. L’eliotropio (diaspro di color verde scuro con macchie rosse) nel medioevo è stato considerato come un mezzo per proteggersi dal veleno. Le pietre preziose, dal punto di vista mitologico, sono particelle di cielo e di stelle. Plinio definisce una pietra lucida e brillante "maschio", mentre quella meno brillante “femmina.” Secondo l’autore medievale Etienne, le pietre sono come gli esseri umani, nascono da un seme, fecondato dal grembo della terra. I Caldei, un popolo molto antico, avevano sviluppato un sistema di corrispondenze tra le pietre preziose ed i sette pianeti: lo zaffiro azzurro è legato a Saturno, il giacinto o granata a Giove, il diamante al Sole, il rubino a Marte, lo smeraldo a Venere, l’agata a Mercurio, la selenite alla Luna.
Dodici pietre preziose decorano le pareti di base della Gerusalemme celeste. Nella simbologia medievale sono state attribuite ai 12 apostoli come segue:
a Pietro, il diaspro, ad Andrea, lo zaffiro, a Giacomo il Maggiore, il calcedonio o agata, a Giovanni, lo smeraldo, a Filippo, la sardonica, a Bartolomeo, la corniola, a Matteo, il Berillo, a Tommaso, il Berillo, a Giacomo il Minore, il topazio, a Giuda Taddeo, il crisoprasio, a Mattia, l’ametista.