Uno dei primi che  lavorò  con un microscopio fu Antony Van Leeuwenhoek, (1632 - 1723) di professione tagliavetro.

Era un uomo pratico, e si occupava del commercio della stoffa, la cui qualità veniva controllata utilizzando le lenti di ingrandimento. Nei periodi quando il mercato era fermo aveva tutto il tempo di far pratica sulle lenti. Anche se il primo microscopio venne scoperto dall'inglese Robert Hooke, le possibilità di questo microscopio erano molto limitate, lui ingrandiva solo trenta volte. Con una tecnica speciale e la combinazione di piccole lenti Leeuwenhoek fu in grado di costruire un microscopio con una potenza di lenti di 500 volte  l’ingrandimento. In segretezza iniziò a preparare  preparati vegetali e animali  e guardarli sul suo dispositivo. Inviò le sue osservazioni in forma epistolare in Inghilterra alla Royal Society. Durante la sua vita egli gli inviò oltre 300 lettere.

Inizialmente, questa collaborazione fu buona, ma poi la sua scoperta  scosso alcune delle teorie della evoluzione di nuovi organismi (generazione spontanea), e gli studiosi dall'Inghilterra non gli diedero più creduto. Così inviarono una delegazione di grandi scienziati e sacerdoti a Delft per confermare le scoperte di Leeuwenhoek. Gli fu riconosciuto tutto, ma fu respinta dalla scienza la teoria della generazione spontanea. Leeuwenhoek  nascose bene la sua invenzione, e non permise a nessuno di sapere come era stata fatta, e non permise a nessuno di usare il suo microscopio tranne  che lui. Il modo in cui ha unito le lenti è rimasta un mistero per molto tempo dopo la sua morte.

Solo nel 1950 sono riusciti a costruire un dispositivo identico al suo. E' considerato il primo ricercatore dei protozoi, degli spermatozoi umani, dei batteri e dei globuli rossi. Dopo la sua morte  lasciò al mondo 247 microscopi (di cui sette sono ancora in uso), ma non i segreti della fabbricazione delle  lenti.

Gli scienziati dopo di lui dovettero  arrivarci da soli alle sue scoperte. È interessante il fatto che continuò ad  inviare lettere in Inghilterra fino la sua morte, mentre era a letto descriveva  in dettaglio la sua malattia.
A Zacharias Janssen (1580-1638) viene generalmente attribuita l'invenzione del microscopio alla fine del XVI secolo. Gli occhiali da vista  diventarono sempre più popolari, e si destinò molta attenzione all’ ottica. Si crede che il padre, Hans, lo aiutò a costruire il microscopio nel 1595. I due erano cabarettisti in Middleburg, in Olanda. Zacharias scrisse ad un diplomatico olandese, William Boreel, della sua invenzione. Ma solo quando il medico del Re di Francia richiese esplicitamente notizie sull’invenzione nel 1650, Boreel raccontò il progetto del microscopio.

Janssen aveva notato che due doppie  lenti convesse usate ad una certa distanza ingrandiscono il soggetto. Aveva unito queste due lenti all'interno di un tubo, creando quindi  il primo microscopio (gr. micros = piccolo; scopein- guarda).